天草市立恐竜の島博物館（以下、当館とよぶ）は、天草市立御所浦恐竜の島博物館条例（以下、条例という）および天草市立御所浦恐竜の島博物館条例施行規則（以下、規則という）に基づく以下の運営方針の基、博物館運営業務を行うものとする。
１．恐竜化石その他の自然史に関する資料の収集（条例第１条 条文）
（１） 恐竜化石その他の自然史に関する資料とは
恐竜化石が代表的である天草地域から産出する古生物・地質資料（岩石・鉱物など）などの自然史に関係する資料のことである。
（２） 資料収集の目的
調査研究および展示で利用するために資料を収集する。資料収集は自然への負荷を考慮し、その目的を達成するために必要な最小限度の数や量に留めることに努める。また、標本の寄贈を受ける場合は研究や展示での利用価値の有無を考慮して決定する。
２．資料の保管（条例第１条 条文）
収集した資料は調査研究または展示に利用するため適切な保存処理を施し、その後しかるべき場所に保管する。標本は保管する際に、管理のため標本登録番号（以下、登録番号という）を割り当てる。
（１）資料の管理
標本等の資料は規則第５条により、電子ファイルまたは帳簿によって管理する。
（２）登録番号
登録番号は、所属館表記、‐（ハイフン）、分類表記、登録順番を示す数字の順で表記する。
①所属館表記は、天草市立御所浦恐竜の島博物館（Amakusa Museum of Goshoura Dinosaur Island）に由来するAMGDとする。当館開館前の所属館表記は御所浦白亜紀資料館（Goshoura Cretaceous Museum）に由来するGCMとなっている。
②分類表記には脊椎動物化石 VP、無脊椎動物化石IVP、植物化石FL、岩石・鉱物RC、現生生物RSがある。表記は必要に応じて増やすことができる。
③登録順番を示す数字は、所属館表記に関係なく、同じ分類表記中での通し番号とする。
（３）資料の保管場所
資料は、大きさ・重要性・保存状態など、必要とされる管理条件により保管場所を決定する。保管場所は当館および恐竜標本保管倉庫とする。
（４）資料の寄贈
以下の申し出があった場合、寄贈資料として当館に所蔵することができる。
・当館職員が寄贈を依頼し、資料所有者より寄贈する同意が得られた場合
・所有者から寄贈の依頼があった場合
・当館職員が勤務時間外で得た資料を寄贈する場合
３．資料の利用（条例第１条 条文）
資料は通常、常設展示および企画展示にて利用するだけでなく、普及講演や事業で
の業務など臨時の利用も可能とする。
（１）資料は展示に資する目的で寄贈を受けることができる（規則第8条）。
（２）他の博物館や大学等への資料の貸出は、所属長の決裁を必要とする。
４．調査研究（条例第１条 条文）
天草諸島等の地質、化石およびその他自然資産（人々へ便益をもたらす天然資源のこと）に関することを対象とする。
（１）天草諸島等の地質、化石については、天草諸島に分布する地層の延長、または同地質時代の他地域の地層や化石など、天草諸島の学術的理解に関わるものを国内外問わず対象とする。
（２）学術的価値や天草の自然の魅力を発信すること（次項を参照）を目的とする調査研究も前号同様に国内外を問わず対象とする。
（３）その他自然資産については、鉱物、水、土壌、空気、動植物などをその対象とする。
（４）調査研究に資する目的で資料の寄贈を受けることができる（規則第8条）。
５．天草自然資源活用推進連絡会の取り組みの推進
天草自然資源活用推進連絡会（以下、連絡会という）の取り組み「海にうかぶ博物館 あまくさ」の活動拠点となることから、その事業について推進する。また、連絡会の事務局を受け持ち、職員がその業務を兼務する。
６．学術的価値や天草の自然の魅力の発信（条例第１条 条文）
多様な交流を生み出し、学術および文化の発展並びに地域の振興につながるための情報発信を行う。ただし、情報の公開や公表での個人情報は、天草市個人情報保護条例に基づいて取り扱う。
（１）学術的価値の発信は、国内外の各種学術機関の行う学会での発表や学術誌への掲載そして当館の館報発行などが挙げられる。
（２）天草の自然の魅力の発信として、天草市、「海にうかぶ博物館 あまくさ」および当館のホームページ、パンフレット、ポスター、そしてテレビなどのメディア媒体等を活用する。
７．学術および文化の発展並びに地域の振興への寄与（条例第１条 条文）
学術や文化の発展および地域の振興に寄与することであれば、当館を利用することができる。利用には使用（変更）許可申請書（規則 第３条 様式第１号）の提出が必要である。利用者で減免の許可を受けるもの（条例 第10条）は使用料免除申請書（規則 第４条 様式第４号）の提出が必要である。
（１）学術団体や大学機関および博物館等の学術調査、研究、研修、または事業活動等において協力を求められた場合は、当館の活動に支障が無い範囲で積極的に受け入れる。文化的活動においても同等の対応を行う。
（２）御所浦地区コミュニティセンターおよび地域の振興に関わる事業、活動等においては、当館の活動に支障が無い範囲で利用することができる。
８．職員に関すること
（１）当館の休館日は条例第4条に定める通りであるが、職員の休日については計画性を持った柔軟なシフトが可能となるように努める。
（２）学術的知識や技術、博物館の展示運営、自然資源を用いた地域振興等に関わる研修（例えば：講演、ワークショップ、フィールドワーク、学会等）において、参加することにより、職員の知識の習得や技術向上、地域への貢献等が見込まれる場合には、博物館運営業務に支障がない範囲で参加するよう努める。
９．天草市立御所浦恐竜の島博物館協議会にて、運営に関する提案や助言等を受けること。